A finales de la Segunda Guerra Mundial, aprovechando que el representativo estatal de Nuevo León había ganado un torneo aficionado de Primera Fuerza, algunos empresarios regiomontanos encabezados por Don Carlos Vertti, Enrique Ayala Medina, Paul C. Probert, Rogelio Cantú Gómez y Miguel Margáín Zozaya decidieron crear el Club de Futbol Monterrey, S. A. de C.V., el cual jugaría sus primeras temporadas en el Parque de Béisbol Cuauhtémoc.

Los inicios del Club de Futbol Monterrey se remontan a 1945, un año difícil por ser época de guerra y crisis.

En ese entonces el deporte que contaba con la atención de los regiomontanos, era el béisbol. Un equipo de futbol no era lo más viable por las preferencias de la sociedad pero eso no fue motivo suficiente para amedrentar a algunas personas que tenían firme la idea de lo que querían hacer.

El equipo fundado recibió el nombre de Club de Futbol Monterrey, S. A. de C.V. y las personas que estuvieron en esa primera directiva fueron las siguientes:

Presidente: Enrique Ayala Medina.
Vicepresidente: Paul C. Probert.
Secretario: Angel E. Escobedo.
Tesorero: CP Ramón Cárdenas Coronado.
Vocales: José Fidalgo Carrera, Ing. Alberto Guevara, Dr. Daniel Mir y contador Miguel Talavera Acevedo.
Comisarios: Rogelio Cantú Gómez y Miguel Margáín Zozaya.
Delegados en México: Emesto Ríos y Femando Carrera.

Manuel Galán fue el primer Director Técnico y el plantel lo formaron los siguientes jugadores:

Raymundo "Burro" Palomino, Victoriano de la Mora, Atenor "Negro" Medina, Octavio "Gene" Rivera, Enrique Lizano, José Luis "Cocoliso" Rodríguez Peralta, José Norberto Toledo, Miguel Quezada, Santiago Bonilla, y Gilberto "Muerto" Maciel.

Además de Atanasio "Chango" Medellín, Leonardo "Chanclas" Zamudio, Luciano Agnolín, Guillermo "Cuadros" Vidal, Evaristo Amézcua, Noé Gómez Tovar, Juan Bladé, Gonzalo Buanabad, Arnulfo Avilán, Ignacio Trelles y Cirilo García Razo.

También José "Che" Gómez, Emilio Baldonedo, Francisco Zeledón, A. Escalada, Juan Moya, A. Daccarett, Jesús y Luis Ontiveros, Víctor Lizardi, Rivas, Quiroga, Nava, Ramírez, Usial, Robles, Juan y Homero "La Cuchara" Carranza, Cristóbal "Catán" Liñán, Cruz Banda, Tello, "Negro" Arizmendi.

En los inicios del equipo, el primer uniforme utilizado por Monterrey era en color blanco, estaba cortado diagonalmente del hombro izquierdo a la cintura, con la franja en color azul.

Su primer juego en liga profesional se efectuó el 19 de Agosto de 1945 venciendo al San Sebastián de León por marcador de un gol a cero, con anotación de José "Che" Gómez. El equipo estaba compuesto por Raymundo "Burro" Palomino, Victoriano de la Mora, Atenor "Negro" Medina, Octavio "Gene" Rivera, Enrique Lizano, José Luis "Cocoliso" Rodríguez Peralta, José Norberto Toledo, Miguel Quezada, Santiago Bonilla, Gilberto "Muerto" Maciel, Atanasio "Chango" Medellín, Leonardo "Chanclas" Zamudio, Luciano Agnolín, Guillermo "Cuadros" Vidal, Evaristo Amézcua, Noé Gómez Tovar, Juan Bladé, Gonzalo Buanabad, Arnulfo Avilán, Ignacio Trelles, Cirilo García Razo, José "Che" Gómez, Emilio Baldonedo, Francisco Zeledón, A. Escalada, Juan Moya, Jesús y Luis Ontiveros, Víctor Lizardi, Juan y Homero "La Cuchara" Carranza, Cristóbal "Catán" Liñán y Cruz Banda; siendo dirigidos por Manuel Galán.

Los acontecimientos forzaron la retirada del club, que no pudo afrontar ninguna de las competiciones en las que participaba, a pesar de haber recibido el apoyo de los demás equipos de la Liga que les auxiliaron con el prestamo de jugadores, hecho que no fue suficiente para soportar embates como el del 26 de mayo de 1946, cuando los Rayados recibieron 14 goles en contra sin lograr anotar siquiera el de la honrrilla, lo cual marca la mayor goliza en la historia de nuestro futbol.

Entre otros resultados negativos en el ámbito deportivo sobresale el haber permitido 133 goles en la campaña, lo cual promediaba 4.4 goles por partido, lo que es un récord.

El equipo reapareció en 1952, gracias a la labor del Dr. Carlos Canseco, Presidente de la Asociación de futbol de Nuevo León. El Monterrey reingresó en la Segunda División en ese mismo año y cuatro después volvía a la Primera División. La vuelta fue efímera pues el equipo realizó una campaña lamentable y en la última jornada perdía la categoría y regresaría al circuito de ascenso.

Para la temporada 59-60 el Monterrey volvería a Primera División y a pesar de bailar muy cerca del abismo se mantuvo al final gracias a una mínima ventaja sobre Celaya y Zacatepec. Las cuatro siguientes temporadas fueron para Monterrey momentos de repunte ya que logró dos terceros lugares, un cuarto y un quinto.

Cerró la década de los 60 en posiciones de media tabla hacia abajo, en los primeros años de los 70 obtuvo dos terceros lugares, siendo la mejor, la temporada 73-74, en la cual ganó 22 de 34 partidos con lo que promedió 70.6 por ciento de puntos logrados. En 26 años de Liguillas, Monterrey calificó 12 veces y ganó una, la especial denominada México-86, el primer y único campeonato de los rayados en un torneo de Liga bajo la tutela de Franisco Avilán.

El 1 de Marzo de 1986 los Rayados conseguirían su primer título en primer división en el torneo México 86 (Solo se jugaron en 2 grupos y sin decenso) al vencer 2-0 en el partido de vuelta al Tampico Madero Futbol Club en el Estadio Tecnológico para finalizar 3-2 en el marcador global. Los goles fueron anotados por el brasileño Reinaldo Güeldini y por el mexicano Francisco Javier "El Abuelo" Cruz, quién terminaría como campeón de goleo esa temporada.

El 8 de Septiembre de 1991 los Rayados ganarían la extinta Copa México al ganar en casa por marcador de 4:2 a las Cobras de Ciudad Juárez. La alineación estaba compuesta por el portero Tirzo Carpizo; los defensas Antonio "La Moca" González, Rafael Bautista, Alejandro Hisis y Guillermo Muñoz; en la media Guillermo Vázquez, Alberto "Guamerú" García y Germán Ricardo Martellotto y en la delantera Misael Espinosa, Luis Antonio "Cadáver" Valdéz y Francisco Javier "El Abuelo" Cruz; los cuales eran dirigidos por Fernando Reynoso y Miguel Mejía Barón. Apenas un año antes, el mismo equipo (pero dirigido por el chileno Pedro García) había conseguido su mejor temporada en la historia al finalizar con 47 puntos en el torneo de Liga.

El campeonato de Copa le dio el derecho a disputar la Recopa de la CONCACAF, la cual ganó por marcador de 4-3 al equipo Luis Ángel Firpo de El Salvador con goles de Gerardo "El Chagui" Jiménez, Luis Hernández y dos del argentino Sergio "El Pibe" Verdirame.

El último título de su palmarés es el Campeonato del torneo Clausura 2003, de la mano del argentino Daniel Passarella como entrenador. El título lo ganó el 14 de Junio de 2003 como visitante ante el Club Monarcas Morelia de Michoacán por marcador global de 3 - 1. Los goles del Monterrey fueron anotados por el argentino Walter Erviti, Guillermo Franco (naturalizado mexicano) y el mexicano Héctor Castro de penal, descontando por el cuadro Michoacano Adolfo Bautista hacia el final del encuentro.

Después llegaron a otras dos Finales, la ultima la perdieron con el Club Deportivo Toluca por marcador global de 6-3, con un arbitraje polémico de Marco Antonio Rodríguez.

Tras varios torneos con bajo nivel fue cesado Miguel Herrera como entrenador regiomontano, en su relevo entró Issac Mizrahi, y después del Interliga llegó Ricardo La Volpe, con quien clasificaron a la Liguilla del Clausura 2008 derrotando al líder general, al Club Deportivo Guadalajara, en los Cuartos de Final por marcador global de 8-5. Posteriormente se enfrentaron en la Semifinal ante el Santos Laguna donde igualaron por global de 3-3, siendo eliminados debido a la mejor posición en la tabla general el conjunto rayado.
 

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